A seguito degli eventi sismici avvenuti nella regione Umbria nel 1997 è stato realizzato uno tra gli interventi più impegnativi e complessi avvenuto nel territorio nazionale negli ultimi anni.
Gli interventi strutturali principali  eseguiti sono stati i seguenti :

• rimozione del riempimento incoerente, ricostruzione delle volte crollate e rigenerazione delle volte superstiti;
• consolidamento delle strutture murarie delle volte mediante un sistema di costolonature distribuite in modo da irrigidire e mitigare l’effetto flessionale sulle volte;
• ulteriore sistema di molle di ritegno strutturale sull’estradosso delle volte , onde assorbire parte delle sollecitazioni e contrastare la loro eccessiva deformabilità in caso di sisma;
• solidarizzazione, mediante imbracature in acciaio inox, delle imposte archi-timpano alle retrostanti murature d’ambito, nonchè ai contrafforti circolari esterni;
• irrigidimento del piano orizzontale delle pareti della Basilica Superiore mediante trave reticolare in acciaio, disposta lungo tutto il marcapiano delle stesse.